阿伯丁大学的前身是经教皇同意的成立于1495年阿伯丁国王学院(King’s College)。国王学院于1497年建立了英语国家中的第一所医学院。1593年马修伯爵在阿伯丁新城区中心创立了阿伯丁地区第二所大学马修学院(Marischal College)。两所学院于1860年根据英国议会通过的“1858年苏格兰大学法案”合并，正式更名为阿伯丁大学。该法案规定阿伯丁大学的校龄从国王学院算起，因此阿伯丁大学是苏格兰地区第三古老的大学，同时也是整个英语国家地区历史第五悠久的大学。
阿伯丁大学是英国最古老的六所大学之一， 世界大学排名第129位(据2009年《泰晤士》报世界大学综合排名) 英国大学排名第39位（据2013年《泰晤士》报英国大学综合排名） 曾有四位研究员获得诺贝尔奖，包括胰岛素的发明者，生物科学是该校最强的学科，环境科学、社会科学、法律，MBA及金融投资等也是大学的强势领域，该校向海外学生在学期内免费教授英语，大学也安排机场或有轨电车站迎新。在最近的一次科研评估中，阿伯丁大学有10个系部获得了5分的高评级，这表明它们达到了国际领先水平。因此，阿伯丁大学有85%的教职员工工作在那些被认为是国内或国际学术中心的系部中。
阿伯丁大学现有四个校内宿舍区，其中Crombie Hall，为包餐制宿舍，学生可以选择共用洗手间和浴室的standard room或自带洗手间的en-suite room，Johnston Hall也是包餐制宿舍，全部房间为standard room，Elphinstone Road为不包餐的standard room，King’s Hall则是全en-suite的不包餐宿舍。 学生还可以选择距学校不远的Hillhead Student Village，步行至学校只需不到20分钟。Hillhead现有九幢宿舍楼，包括了standard room和en-suiteroom两种房型。
阿伯丁大学有两个校区，分别是国王学院校区和马修校区。因日益增多的学生，马修校区已无法满足日常教学需求，大学于1950年决定将除医学外的其他专业授课地点迁至国王学院校区。阿伯丁大学于2006年与当地政府达成协议，将市中心的马修校区租给阿伯丁市政府作为办公室使用。